親鸞の弟子菅原正円が、伊勢国安濃郡大別保村に草庵を建てたのが、妙善寺の始まりと伝えられています。その後、築地本願寺門前への移転。移転後の妙善寺は、築地本願寺の末寺として江戸で布教活動を行っていたそうです。昭和二年に現在の地へ移転し今日に至っております。
境内には、江戸時代末期の人情作家「為永春水」のお墓もありきれいに清掃された境内を多くの方が墓参に来られています。