慈眼寺は文録2年（1593）に創建された曹洞宗のお寺です。
開山は玉翁芳轉和尚、開基は大室芬撮和尚です。

元々は現在の東京都中央区八丁堀に建てられたお寺でしたが、
寛永11年（1634）の武家諸法度改正によって、
全国の大名達に対する参勤交替制が確立し、
結果大量の大名邸地が必要となったため、
八丁堀の寺院は三田や、下谷などへの移転を命じられました。
この慈願寺も寛永12年（1635）に現在地である東京都港区三田に移転しています。

慈眼寺は創建以来数回に渡って火災や震災に見舞われましたが、
昭和55年（1980）に本堂庫裡客殿を再建し今日に至っております。