元和七年麻布狸穴に開創、今井鮫ヶ橋芝金杉を経て寛文元年（１６６１）三田に移転。
都内でも高級住宅地として有名なエリアに位置する薬王寺は、古い歴史を持つ寺院で「朝顔の井戸」のお寺としても有名です。
薬王寺の井戸は飢饉の折に日蓮聖人によって祈祷された霊水とされており、その御利益に蒙ろうと「俳人 加賀の千代女」が立ち寄った際、釣瓶の縄に朝顔が巻付いているのを目にし、草木もこの霊水の徳を慕 えるのかと感銘を受け「朝顔に つるべとられて もらい水」の名句を詠んだとされています。